O Campinas Futebol Clube foi fundado em 1º de janeiro de 1998, por iniciativa dos ex-jogadores Antônio de Oliveira Filho, o Careca, campeão pelo Guarani, São Paulo e Seleção Brasileira, e Edmar Bernardes, ex-jogador do Guarani, Palmeiras e Santos e que também teve passagens pela seleção brasileira.

Em seus primeiros anos de existência, sem campo fixo na cidade de Campinas, o clube tinha que mandar seus jogos em Pedreira. Após quatro anos, em 2002, depois de um ano licenciado da FPF, um grupo de esportistas, pequenos empresários e membros da comunidade se uniram para trazer o Campinas FC de volta para a sua cidade e se tornar, efetivamente, na mais nova força do futebol campineiro.

Na oportunidade, elegeu-se a nova diretoria, que passou a ter Edmar, um dos fundadores, como presidente do clube, Careca como presidente do Conselho Deliberativo, enquanto Chico Bonfim se tornou o vice-presidente.

A partir de então, o Campinas começou a mandar suas partidas no estádio Horácio Antonio da Costa, o Cerecamp. Sempre presente na disputa do Campeonato Paulista da Segunda Divisão, a jovem equipe do Campinas, que em 2005 teve a melhor campanha da primeira fase da competição, não conseguiu repetir o feito na segunda fase e foi eliminada precocemente.

Sua campanha com maior sucesso foi a de 2008, quando conquistou o acesso para a Série A3 do Paulista dentro de casa contra o Red Bull